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Pipeline Comparison

      Standard GATK pipeline 使用TAIWANIA1 一個計算節點作計算。
      WASAI lightning 使用一台WASAI FPGA server 掛載 TAIWANIA Luster 作計算。
      SAMBABA 在一般非FPGA卡上約是SAMTOOLS的兩倍。
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All Testing Results

      FPGA卡在STEP1 有加速作用,約快一個小時。
      STEP2、STEP3加速主要差在工具使用的差別。
Machine Pipeline Step 4 平行處理染色體 Step 1 Step 2 Step 3 Step 4 Total Time
Lightning(NCHC)
獨立機器
WASAI Lightning
Yes
02h:13m:09s
01h:01m:58s
01h:18m:22s
03h:42m:03s
08h:15m:32s
Lightning (NCHC)
on TAIWANIA
WASAI Lightning
Yes
02h:08m:05s
00h:56m:48s
00h:58m:03s
03h:15m:45s
07h:18m:41s
Lightning (NCHC)
獨立機器
Standard GATK
Best Practice
No
07h:21m:36s
05h:04m:51s
09h:05m:48s
37h:30m:02s
59h:02m:17s
TAIWANIA (NCHC)
Standard GATK
Best Practice
No
03h:26m:58s
02h:46m:59s
05h:07m:36s
17h:38m:26s
29h:00m:00s
TAIWANIA (NCHC)
Standard GATK
Best Practice
Yes
03h:27m:27s
02h:47m:01s
04h:50m:41s
01h:37m:28s
12h:42m:37s