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軟體名稱 功能 平行化 文件說明
AlphaFold v2 以氨基酸序列來預測該蛋白質結構 CPU+GPU混合計算 (Click)

預測蛋白質結構的流程，
可粗分成三個較耗時的階段，分別為：
 流程圖示
  • 多重序列比對 (Multiple Sequence Alignment, MSA)
  • 人工智慧推論 (Artificial Intelligence inference, AI)
  • 蛋白質結構微調 (Relax)
  1. MSA 的階段完全以 CPU 執行，能夠使用 GPU 加速的階段為 AI 與 Relax。
  2. AlphaFold v2 使用五個稍微不同的 AI 模型來推論蛋白質結構:
    1. 每一個模型以相同的 MSA 結果為輸入，各自給出不盡相同的推論結果。
    2. 再依照內部計算方式來排序最終結構的好壞，其中 rank 1 為其估算出的最好結果。
軟體名稱 功能 平行化 連結
XDS X光晶體繞射數據處理 多CPU View
CCP4 X光晶體繞射數據分析 單CPU View
CNS X光晶體結構建立與精緻化 單CPU View
Phenix X光晶體結構建立與精緻化 單CPU View
ATSAS X光小角度散射數據分析 單CPU View
RELION 冷凍電子顯微鏡影像重建與分析 CPU+GPU混合計算 View
cryoSPARC 冷凍電子顯微鏡影像重建與分析 CPU+GPU混合計算 View
軟體名稱 功能 平行化 連結
ROSETTA 蛋白質3D結構模擬與設計 多CPU View
HADDOCK 蛋白質分子對接模擬 單CPU View
NAMD 蛋白質分子動力學模擬 CPU+GPU混合計算 View
Gromacs 蛋白質分子動力學模擬 CPU+GPU混合計算 View
AMBER 蛋白質分子動力學模擬 GPU View
AutoDock/Vina 小分子/蛋白質分子對接模擬 單CPU View
Gaussian16 量子化學計算模擬 GPU View
DiscoveryStudio 小分子藥物設計 單CPU (部分支援GPU) View
Schrodinger 小分子藥物設計 單CPU (部分支援GPU) View

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Chimera

蛋白質結構視覺化分析
支援多種生物物理數據匯入
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PyMol

蛋白質結構視覺化分析
支援分子編輯、突變與後修飾
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VMD

蛋白質分子動力學模擬數據視覺化
支援客製化分子力場建立
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SAMSON Connect

分子模型建立與模擬分析
可自由選擇載入需要分析模組
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Blender

3D動畫製作軟體
AutoPack插件支援蛋白質結構模型建立
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Maya

3D動畫製作軟體
mMaya插件支援蛋白質結構模型建立
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Unity

3D遊戲製作軟體
蛋白質折疊模擬軟體”FoldIt”即使用Unity製作