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軟體名稱 功能 平行化 連結
XDS X光晶體繞射數據處理 多CPU View
CCP4 X光晶體繞射數據分析 單CPU View
CNS X光晶體結構建立與精緻化 單CPU View
Phenix X光晶體結構建立與精緻化 單CPU View
ATSAS X光小角度散射數據分析 單CPU View
RELION 冷凍電子顯微鏡影像重建與分析 CPU+GPU混合計算 View
cryoSPARC 冷凍電子顯微鏡影像重建與分析 CPU+GPU混合計算 View
軟體名稱 功能 平行化 連結
ROSETTA 蛋白質3D結構模擬與設計 多CPU View
HADDOCK 蛋白質分子對接模擬 單CPU View
NAMD 蛋白質分子動力學模擬 CPU+GPU混合計算 View
Gromacs 蛋白質分子動力學模擬 CPU+GPU混合計算 View
AMBER 蛋白質分子動力學模擬 GPU View
AutoDock/Vina 小分子/蛋白質分子對接模擬 單CPU View
Gaussian16 量子化學計算模擬 GPU View
DiscoveryStudio 小分子藥物設計 單CPU (部分支援GPU) View
Schrodinger 小分子藥物設計 單CPU (部分支援GPU) View

View

Chimera

蛋白質結構視覺化分析
支援多種生物物理數據匯入
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PyMol

蛋白質結構視覺化分析
支援分子編輯、突變與後修飾
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VDM

蛋白質分子動力學模擬數據視覺化
支援客製化分子力場建立
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SAMSON Connect

分子模型建立與模擬分析
可自由選擇載入需要分析模組
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Blender

3D動畫製作軟體
AutoPack插件支援蛋白質結構模型建立
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Maya

3D動畫製作軟體
mMaya插件支援蛋白質結構模型建立
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Unity

3D遊戲製作軟體
蛋白質折疊模擬軟體”FoldIt”即使用Unity製作